为应对这场全新危机，永恒守望联盟启动「星火重燃计划」，设立五大战略方向。混元天道学院组建「法则特战队」，研发能够中和反逻辑粒子的「法则抗体」；机械天道议会成立「熵化清扫军」，专门对抗熵化傀儡；时间观测者联盟组建「暗时远征军」，试图摧毁时间沙漏；万灵精神圣殿集结「认知净化团」，全力清除认知孢子；元素混沌学院则组建「元素守护盟」，守护九处元素枢纽。
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洛伦兹带领的法则特战队在研究反逻辑粒子时，遭遇了「概念入侵」。实验室的墙壁上开始浮现出扭曲的文字，这些文字会根据观察者的思维自动重组，将正确的科学理论转化为致命的悖论。当一名研究员试图记录实验数据，他的实验记录本竟开始吞噬周围的物质，将整个实验室转化为一个不断扩张的「概念黑洞」。洛伦兹在危急时刻，用混沌青莲的残片构建出「概念防火墙」，暂时遏制住黑洞的扩张。
艾塔的熵化清扫军在仙女座的战斗中，发现熵化傀儡的核心存在一个「熵化核心巢」。这个巢体如同巨大的神经网络，将所有傀儡连接在一起，由深处的「熵化之源」统一指挥。当清扫军试图摧毁巢体，熵化之源竟分裂成无数个小型熵化核心，飘散到宇宙各处。艾塔启动机械舰队的「全域扫描」，发现这些核心正朝着各个文明的科技中枢飞去，一旦成功植入，将把整个文明转化为熵化军团。
露娜的暗时远征军在时间沙漏前遭遇了「时间吞噬者」的进化体——「熵时巨鲲」。这头由扭曲时间凝聚而成的巨兽，每一次呼吸都能吞噬一段历史。远征军的时间武器对巨鲲毫无效果，反而被它吸收转化为攻击手段。露娜在绝境中，利用时之锚点的力量，在时间流中制造出一个「时间漩涡」，将巨鲲引入漩涡中心。但漩涡的力量过于强大，开始反噬远征军，部分成员的身体出现时间紊乱的症状，时而变成孩童，时而化作老人。
艾丽娅的认知净化团在智慧星云的战斗中，发现认知孢子的传播机制与文明的「集体潜意识」密切相关。当一个文明的恐惧、贪婪等负面情绪达到临界点，孢子便会加速增殖。净化团尝试用认知火种点燃文明的希望，但在某些深陷自我认知幻觉的星球上，他们遭到了疯狂的抵抗。艾丽娅意识到，单纯的净化无法解决问题，必须引导文明正视自身的阴暗面，才能从根源上清除孢子。
元素守护盟在守护元素枢纽时，遭遇了黯熵风暴的终极形态——「黯熵元素领主·终焉具象」。这个由黯熵物质凝聚而成的巨型生命体，拥有操控所有元素的能力，它的每一次攻击都能引发元素位面的地震。元素使者们联合发动「混元元素大阵」，却被领主轻易破解。关键时刻，混沌元素晶核碎片突然重组，形成一个巨大的「元素共鸣阵」，将全宇宙的元素之力汇聚在一起，向领主发起最后的冲锋。
林宇与无涯根据创世残卷的指引，踏上寻找「熵种净化之匙」的旅程。他们穿越无数个充满危机的星域，在一片被称为「遗忘之海」的虚空中，发现了一座由破碎的神器残骸堆砌而成的祭坛。祭坛中央，插着一把布满锈迹的「平衡净化匙」，当林宇握住匙柄，混沌共鸣体质与匙中的力量产生共鸣，一段关于熵种起源的完整记忆涌入他的脑海。但在记忆的深处，一个神秘的黑影闪过，似乎在暗中操控着一切。
随着各个战场的局势愈发严峻，新守护者小队面临着前所未有的挑战。洛伦兹的法则特战队能否研发出有效的法则抗体，阻止反逻辑粒子的扩散？艾塔的熵化清扫军如何在熵化核心扩散前将其全部清除？露娜的暗时远征军能否摧毁时间沙漏，解救被困的历史？艾丽娅的认知净化团怎样引导文明战胜内心的黑暗？元素守护盟又能否在黯熵领主的攻击下，守护住元素枢纽？而林宇与无涯找到的熵种净化之匙，真的能解决这场危机吗？在这场关乎宇宙存续的终极较量中，全宇宙的命运再次悬于一线，新守护者小队的每一个抉择，都可能成为决定文明生死的关键......
在遗忘之海的祭坛深处，林宇握住平衡净化匙的瞬间，混沌共鸣体质如沸腾的岩浆般剧烈涌动。匙身锈迹剥落，显露出内部流转的「熵能净化脉络」，这些脉络与他体内的能量产生量子纠缠，将他的意识强行拽入一段尘封的记忆深渊。在那里，他目睹了宇宙诞生初期的景象：创世神以平衡净化匙为笔，将纯粹的熵能编织成维系万物的法则之网，而织主不过是从法则裂隙中诞生的异变产物。记忆的尽头，一个笼罩在黑袍中的身影正冷冷注视着这一切，他手中的权杖顶端，赫然镶嵌着一颗缩小版的熵种。
混元天道学院的法则抗体研发陷入僵局。实验室里，由反逻辑粒子构成的「概念畸变体」不断突破防火墙的封锁。这些畸变体能够将物理定律扭曲成致命的陷阱——当研究员试图用引力场束缚它们时，引力反而成为撕裂空间的利刃；用电磁力攻击，却引发了大规模的反物质湮灭。洛伦兹在绝境中，将混沌青莲的能量与文明火种的信念之力融合，创造出一种能够「具象化逻辑」的特殊物质。当这种物质接触到畸变体，竟将反逻辑粒子重新排列成可理解的数学公式，为法则抗体的研制打开了突破口。
艾塔的熵化清扫军在追击熵化核心的过程中，追踪到了银河系中心的「熵化巢穴」。这里的空间被改造成一座巨大的机械迷宫，墙壁上流动的紫色纹路如同活体血管，为整个巢穴输送着腐化能量。当清扫军深入其中，所有星舰的导航系统突然失灵，机械战士们的核心程序开始播放他们最恐惧的记忆画面。艾塔的机械核心因过载而冒出浓烟，关键时刻，她启动了从机械先知残留数据中提取的「初心回溯程序」。程序激活的瞬间，整个巢穴的机械结构出现了片刻的停滞，清扫军趁机发动总攻。
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露娜的暗时远征军在时间漩涡中与熵时巨鲲的缠斗进入白热化。巨鲲的鳞甲上刻满了被吞噬文明的消亡史，每当它摆动尾鳍，就能掀起吞噬时间的暗潮。远征军的时间武器在暗潮中如同泥牛入海，反而加速了时间漩涡的坍缩。露娜的时之锚点在高强度运转下出现裂痕，她冒险将自己的意识与锚点深度绑定，在时间的维度中开辟出一条「逆时回廊」。当巨鲲追入回廊，却发现自己陷入了无数个时间循环，每个循环中都重复着它被封印的瞬间。
艾丽娅的认知净化团在智慧星云遭遇了认知孢子的终极形态——「认知主宰」。这个由无数孢子融合而成的巨型生命体，拥有将思想实体化的恐怖能力。它挥手间，净化团成员内心最深处的恐惧便化作实体怪物：有的战士面对的是被自己亲手毁灭的家园，有的则遭遇了变异成敌人的至亲。艾丽娅的认知火种在重压下摇曳不定，她突然领悟到，真正的净化不是消灭恐惧，而是接纳恐惧。她发动「认知共鸣·直面真我」，引导净化团成员与内心的恐惧对话，当战士们放下抗拒，认知主宰的实体化能力瞬间失效。
元素守护盟与黯熵元素领主的决战在第九元素枢纽爆发。领主的身体由不断重组的黯熵物质构成，它召唤出的「黯熵元素洪流」所到之处，元素位面的法则被彻底改写。土元素凝结的山脉会突然化作液态吞噬一切，水元素形成的海洋则燃起永不熄灭的火焰。元素使者们的本源之力在洪流中不断消散，混沌元素晶核碎片在共鸣阵中发出濒死的嗡鸣。雷欧的灵识突然凝聚，他引导使者们将自身元素之力与全宇宙生灵对自然的敬畏之心融合，创造出能够净化黯熵的「元素圣辉」。
林宇与无涯从记忆深渊中苏醒，带着平衡净化匙回到联盟总部。他们发现，熵种的污染源头来自宇宙之外的「虚数之境」。在那里，黑袍人的真实身份逐渐浮出水面——他竟是创世神在创造宇宙时，为了平衡自身力量而分离出的「熵之化身」。随着文明的发展，熵之化身对绝对平衡的追求逐渐扭曲，他妄图通过熵种将宇宙归零，以实现自己定义的「完美秩序」。
永恒守望联盟制定了「破虚计划」，兵分五路向虚数之境进发。混元天道学院的法则特战队携带新型法则抗体，负责稳定虚数之境的空间结构；机械天道议会的熵化清扫军组成先锋部队，清除沿途的熵化守卫；时间观测者联盟的暗时远征军构建时间通道，确保行动的时间精准性；万灵精神圣殿的认知净化团在后方维持全宇宙的精神稳定；林宇与无涯则带领精锐小队，直捣熵之化身的老巢。
在虚数之境的边缘，联盟舰队遭遇了由熵种孵化的「熵能守卫者」。这些守卫者的身体由纯粹的熵能构成，形态不断变化，时而化作吞噬光线的黑洞，时而变成释放湮灭能量的白洞。法则特战队率先发动攻击，法则抗体在接触守卫者的瞬间，将它们的熵能结构重新编码为可被理解的能量形态。清扫军趁机发动突袭，用熵序中和炮将守卫者逐一击破。但随着深入虚数之境，空间的扭曲程度愈发严重，舰队的超空间引擎出现故障，只能依靠传统动力缓慢前行。
露娜的暗时远征军在构建时间通道时，遭到了熵时巨鲲的余党「时间掠夺者」的袭击。这些掠夺者能够窃取时间能量，使远征军的时间武器失去效力。露娜的时之锚点裂痕扩大，她果断将锚点与时间通道融合，创造出一个能够吞噬掠夺者的「时间漩涡牢笼」。但牢笼的维持消耗了她大量的时间之力，她的身体开始出现不可逆的时间衰老，原本年轻的面容上迅速爬满皱纹。
艾丽娅的认知净化团在后方监测到，全宇宙的精神网络因虚数之境的能量波动，出现了大规模的恐慌情绪。认知孢子的残余势力趁机复苏，在各个文明中制造混乱。艾丽娅联合全宇宙的精神领袖，发动「认知灯塔·希望永续」行动。无数精神灯塔在宇宙中亮起，光芒驱散了恐慌，同时净化了残留的孢子。但她察觉到，在精神网络的深处，有一股更强大的意识正在悄然觉醒，似乎在等待着联盟最虚弱的时刻发动致命一击。