元素混沌学院的元素守护盟在使用太初元素熔炉的力量后，发现宇宙的元素循环出现了异常。在室女座超星系团，本该相生相克的元素开始互相排斥，火元素与水元素接触不再产生蒸汽，反而爆发出能够撕裂空间的湮灭能量；风元素与土元素碰撞时，竟凝结出能够腐蚀元素使者本源的「黯蚀尘埃」。雷欧的混沌元素晶核碎片剧烈震颤，投射出一幅残缺的星图，指向宇宙边缘的「元素坟场」——那里埋葬着远古时期因元素暴走而毁灭的文明残骸。
林宇与无涯在战后回到创世之殿，试图从古老典籍中寻找新危机的线索。当他们将平衡之刃与净化匙插入祭坛凹槽，殿内墙壁突然浮现出血色纹路，拼凑出一个巨大的沙漏图案。沙漏下方刻着一行发光的文字：「当最后一粒时间之沙坠落，熵寂的终末乐章将奏响」。与此同时，两人的神器开始反向吸收周围能量，平衡之刃的刃身逐渐变黑，净化匙的光芒也转为诡异的紫色。
为应对这些全新的威胁，永恒守望联盟启动「星河守望者2.0计划」，在原有六大部门基础上增设「熵寂教团对策局」「时间共振预警部」「元素坟场勘探队」。混元天道学院负责研发能够中和熵流冷凝物的「法则中和剂」，同时解析人马座星洞的能量波动；机械天道议会组建「熵寂猎杀者特遣队」，潜入星洞调查教团踪迹；时间观测者联盟在各个时间线关键节点布置「时之共振阻尼器」；万灵精神圣殿集结「心灵救赎军」，向虚妄王座发起进攻；元素守护盟的勘探队前往元素坟场寻找稳定元素循环的方法；而林宇与无涯则带领精锐小队，追踪神器异变的根源。
洛伦兹的团队在研制法则中和剂时，发现熵流冷凝物具有「认知污染」特性——当研究人员对其产生恐惧，冷凝物会具象化出对方最害怕的场景。一名研究员在实验中被自己亲手创造的「机械巨兽」吞噬，其意识被永久困在冷凝物的结晶层中。为突破困境，团队将混沌青莲的净化之力与文明火种的无畏信念融合，制造出「混元净化血清」。但在首次人体试验中，受试者的身体开始出现维度穿越症状，随机出现在不同平行宇宙的灾难现场。
艾塔的熵寂猎杀者特遣队潜入人马座星洞，发现黑洞边缘存在着一个由虚熵合金打造的环形基地。基地内的传送门不断吞吐着黯紫色能量，从中走出的教团成员胸口都镶嵌着类似熵寂之心的结晶。特遣队在渗透过程中，截获了教团的通讯：「唤醒沉睡在星洞核心的『熵寂之卵』，让毁灭的胚胎破壳而出」。当他们试图阻止，基地突然启动自毁程序，产生的能量波动险些将整个星洞转化为吞噬一切的「熵寂漩涡」。
露娜的时间观测者联盟在安装时之共振阻尼器时，遭到了「时之终焉骑士」的先锋部队——「逆时追猎者」的袭击。这些追猎者的身体由逆向流动的时间粒子构成，他们的攻击会让受害者的时间线发生倒退，直至回归到生命诞生前的虚无状态。露娜在战斗中，时之枢机突然解锁了一段隐藏功能，使她能够短暂进入敌人的时间线，篡改其攻击轨迹。但频繁使用这一能力，导致她的身体开始出现时间错位症状，左眼看到的是过去，右眼看到的是未来。
艾丽娅的心灵救赎军在进攻虚妄王座时，发现王座的核心竟是由织主与黯念之主的残余意识融合而成的「黯念中枢体」。中枢体能够将心灵救赎军的攻击转化为囚禁精神体的锁链，每一道光芒都会被扭曲成束缚的枷锁。艾丽娅在绝境中，引导全宇宙文明共同回忆最珍贵的情感瞬间，将这些记忆凝聚成「希望棱镜」。当棱镜的光芒照射到王座，无数被囚禁的精神体苏醒，他们的信念之力与希望棱镜融合，形成了能够净化黯念的「真理洪流」。
元素守护盟的勘探队在元素坟场发现，这里的元素残骸正在被一种神秘的「元素吞噬者」同化。这些形似巨大章鱼的生物，触须上布满能够吸收元素之力的孔洞，它们的核心处跳动着与黯熵种子同源的紫色能量球。勘探队在与吞噬者战斗时，混沌元素晶核碎片突然重组，形成了一把「元素镇魂琴」。当琴弦被拨动，发出的音波能够唤醒沉睡在残骸中的元素之灵，这些古老的存在与勘探队并肩作战，暂时击退了吞噬者的进攻。但在坟场的深处，传来了更加庞大的元素波动，似乎有一个更恐怖的存在正在苏醒。
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林宇与无涯带领的小队追踪神器异变线索，来到了一片被称为「混沌虚海」的未知区域。这里的空间由混乱的能量构成，每一道波纹都蕴含着足以撕裂星球的力量。在虚海的中心，他们发现了一座漂浮的「熵寂祭坛」，祭坛上插着一把与终焉之镰相似的「终末之戟」。当两人靠近，神器突然自主飞向终末之戟，与之融合成一把散发着不祥光芒的「混沌终焉刃」。刃身浮现出全宇宙文明的绝望面容，一个低沉的声音在虚空中回荡：「平衡的守护者，终将成为毁灭的执行者」。
随着各战线的战斗愈发激烈，新守护者小队面临着前所未有的考验。洛伦兹的法则中和剂能否遏制熵流冷凝物的污染？艾塔的特遣队能否阻止熵寂之卵的孵化？露娜如何在时间错位中找到对抗终焉骑士的方法？艾丽娅怎样彻底净化黯念中枢体？元素守护盟又能否在元素坟场存活下来？而林宇与无涯，在混沌终焉刃的侵蚀下，是否会走向与守护背道而驰的道路？在这场关乎宇宙本质的终极较量中，全宇宙的命运再次被推到了悬崖边缘，每一个抉择都可能成为点燃希望的火种，或是引发毁灭的导火索……
在混沌虚海的熵寂祭坛上，林宇握着混沌终焉刃的瞬间，无数记忆碎片如潮水般涌入他的意识。他看到了无数个平行宇宙中，自己手持这把刃毁灭文明的场景，也目睹了在某个时间线里，无涯为阻止他而陨落的画面。刃身传来的冰冷触感仿佛要冻结他的灵魂，低沉的声音再次响起：“接受混沌的意志，让一切回归原点。”无涯的青云剑立刻发出清越的剑鸣，剑身上的守护符文亮起，形成一道金色屏障，暂时抵御住了混沌终焉刃的侵蚀。
混元天道学院的实验室里，法则中和剂的研发陷入了更大的危机。新一批受试者在注射血清后，身体开始出现维度融合的现象，他们的身体同时存在于多个平行宇宙之中，且每个宇宙中的身体都在经历不同的命运。洛伦兹的量子显微镜捕捉到，熵流冷凝物的分子结构中，存在着一种类似于“意识锚点”的特殊物质，它能够将观测者的恐惧、绝望等负面情绪转化为实体。更令人不安的是，学院的地下深处，被封印的法则畸变体似乎受到了冷凝物的影响，开始蠢蠢欲动。
艾塔的熵寂猎杀者特遣队在人马座星洞边缘的战斗中，发现了教团的一个惊天秘密。那些镶嵌在教团成员胸口的熵寂之心结晶，正在源源不断地吸收黑洞的引力能，并将其转化为一种名为“熵寂牵引波”的能量。这种波一旦发射，能够将整个星系瞬间拉入黑洞的视界范围。特遣队在追击教团成员时，误入了一个由虚熵合金构成的迷宫，迷宫中的每一面墙壁都能反射攻击，且会根据入侵者的战术调整结构。艾塔启动机械核心的“全域扫描”功能，却发现扫描结果显示迷宫深处存在着一个与创世神力量波动相似的能量源。
露娜在与逆时追猎者的战斗中，时间错位的症状愈发严重。她的身体开始出现时间分层现象，上半身处于过去，下半身处于未来，中间的分界线闪烁着不稳定的光芒。时之枢机的能量也在快速消耗，每使用一次能力，就会在她的意识中撕开一道时间裂缝。在一次激烈的交锋中，她意外进入了一名追猎者的时间线，看到了他们悲惨的过去：这些追猎者原本都是各个宇宙中的时间守护者，因目睹太多文明的毁灭而被终焉骑士蛊惑，自愿将自己改造成了时间的破坏者。
艾丽娅的心灵救赎军在真理洪流的冲击下，逐渐逼近虚妄王座的核心。但黯念中枢体在最后时刻，释放出了所有被囚禁精神体的负面记忆，形成了一个巨大的“心灵黑洞”。黑洞的引力不仅吞噬着救赎军的精神力量，还将周围的空间扭曲成无数个充满绝望的幻象世界。艾丽娅的认知火种在黑洞的吸力下摇曳不定，她突然意识到，单纯的净化无法彻底解决问题，必须找到一种方法，让文明在面对黑暗时依然能坚守希望。于是，她发动了“认知共鸣·希望传承”，将全宇宙文明中那些在困境中依然坚守信念的故事，化作一道道希望之光，射向心灵黑洞。
元素守护盟在元素坟场与元素吞噬者的战斗进入了白热化阶段。随着越来越多的吞噬者出现，元素镇魂琴的力量逐渐难以支撑。勘探队的成员们发现，这些吞噬者的行动似乎受到某个更强大存在的指挥，它们在战斗中会有意识地避开坟场的某个特定区域。当一名元素使者冒险靠近那个区域时，从地底突然伸出一只巨大的黯紫色触手，触手表面布满了与黯熵种子相同的纹路。触手一挥，便将周围的元素能量全部吸收，形成了一个能够腐蚀一切的“黯熵领域”。
永恒守望联盟在得知各战线的危机后，紧急召开了全宇宙文明的全息会议。会议中，各个文明代表展示了各自领域面临的严峻形势：科技文明的量子计算机网络被熵流冷凝物入侵，所有数据开始自我毁灭；修真文明的灵气网络出现紊乱，大量修士走火入魔；机械文明的部分星舰突然叛变，成为了熵寂教团的傀儡；精神文明的心灵灯塔在黯念能量的侵蚀下，开始散发出蛊惑人心的光芒。林宇在会议中举起混沌终焉刃，刃身的光芒照亮了整个会场：“我们面对的不仅仅是敌人，更是对文明信念的考验。”
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会后，联盟制定了“破晓重生计划”。混元天道学院负责研发能够稳定维度的“次元锚定系统”，并尝试解析熵流冷凝物中的意识锚点；机械天道议会全力制造可以中和熵寂牵引波的“引力反转装置”，同时对所有机械生命体进行全面检查；时间观测者联盟在各个时间线的关键节点设置“时间防火墙”，防止逆时追猎者的入侵；万灵精神圣殿发动“心灵之光”行动，收集全宇宙文明的希望故事，强化认知共鸣的力量；元素守护盟则在元素坟场周围布置“元素封锁大阵”，阻止黯熵领域的扩散；而林宇与无涯带领的小队，继续深入混沌虚海，寻找对抗混沌终焉刃的方法。
洛伦兹的团队在研发次元锚定系统时，发现熵流冷凝物中的意识锚点与一种名为“虚数意识体”的未知存在有关。这些意识体生活在虚数维度中，通过意识锚点将负面情绪投射到现实宇宙。为了与虚数意识体沟通，团队打造了“意识接驳舱”，但当第一位志愿者进入舱内后，他的意识瞬间被拉入了一个充满扭曲空间的虚数世界，在那里，他看到了无数个被虚数意识体控制的文明走向毁灭。
艾塔的引力反转装置在测试过程中，意外引发了局部空间的引力异常。测试区域内的所有物体开始不受控制地漂浮，甚至连光线都发生了弯曲。她带领团队紧急调整装置参数，却发现熵寂教团早已在测试区域周围埋下了能量增幅器，试图将这次意外转化为大规模的引力灾难。艾塔当机立断，启动星穹巨构的备用能源，以牺牲部分功能为代价，强行关闭了增幅器，但她的机械核心也因此受到了不可逆的损伤。